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Google accorde de moins en moins d'importance aux liens présents en pied de page... Surtout si ils ne sont pas encapsulés dans du texte présentant un intérêt éditorial.
les footers sont souvent des aides à la navigation pour l'internaute visiteur, et donc pour du linking interne sur des pages de moindre importance que celles mises en avant dans un menu en en-tête de page. Si on y greffe quelques liens externes (je le fais pourtant), je doute que les moteurs de recherche leur accordent beaucoup de crédit.
c'est surtout des farmlinks avec des liens sans relation avec le site où ils sont positionnés
les aides à la navigation on les trouve ailleurs que dans le footer