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J'ai des milliers de pages sur mon site, par contre, beaucoup sont déclassées et nécessitent de taper le nom de domaine pour la voir apparaître (alors que d'autres sont très bien classées). Un sitemap pourrait aider??
Tes pages sont-elles toutes accessibles? Si jamais tu as un time out lors d'un crawl cela pourrait (peut être) peut être la raison. Je te conseille de tester ton site avec xenu (pratique et gratuit)
Si ce n'est pas dû à ça, google pourrait détecter du duplicate content.
Y a-t-il du contenu sur tes pages?
ou sinon aux erreurs de codes (je suis l'expert dans ce domaine ), aux balises non fermées qui pourraient bloquer le referencement, etc...