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directement, non
cependant, un site xhtml étant plus ordonné (balises utilisées à leur véritable utilité, etc) le robot pourra plus aisément distinguer le contenu, et indirectement, ca améliorera le référencement.
mais, directement, non, c'est pas pris en compte.
Par contre ca a plein d'autres avantages : chargement plus rapide, données plus claires. En général ca t'aide aussi toi à mieux structurer ta pensée et ton site et donc cela améliore de façon latente la qualité du contenu, comme l'indique kazhar.
avec une structure différenciant le contenu véritable d'un côté et le CSS de l'autre, il est certain que tu es gagnant à terme (facilité de mise à jour et de maintenance - référencement de la part de moteurs) surtout si ton CSS propose le contenu 'vrai' en first (environ 10 à 15%) en terme de référencement.