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Je dirais (plus directement) qu'un script est un programme et que la différence entre un script et une application est que la dernière a une interface utilisateur. Logiciel est la traduction française de software et c'est la partie non matérielle de ce que l'on a en face de soit quand on utilise un ordi. Je pense que cela peut inclure les scripts...
Les classes java sont un bytecode indigérable par la machine. Ce n'est donc pas du langage machine, c'est d'ailleurs interpété par une JVM.
Pour autant on parle de programmes en Java, et non de scripts Java... (au fond de la classe, qui confonds encore avec Javascript ?)
