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Pareil, un part un, en donnant un nom à chaque "projet", et en foutant le tout comme ça :
/www/nomprojet1/logs
/www/nomprojet1/tmp
/www/nomprojet1/pub
/www/nomprojet2/logs
/www/nomprojet2/tmp
/www/nomprojet2/pub
etc...
moi, chui en /home/websites
dedans, y'a tous les sites
et j'ai un fichier de vhosts différent par site, avec les sous domaines de chacun dans le fichier.